מערות משאש מורבעתמערת מורבעת היא אחת ממספר רב של מערות שנמצאות במדבר יהודה בישראל. המערה ידועה במיוחד כחלק מ-"מערות המגילות" שבהן נמצאו מגילות ים המלח.
מערת המכפלהבלב חברון שוכן אתר בעל משמעות היסטורית ורוחנית עמוקה: מערת המכפלה. מערה מפורסמת זו, החבויה מתחת לרחובותיה ההומים של העיר חברון, שופעת בידע ע
מערת תיאוקטיסטוסמערת תיאוקטיסטוס היא מערת נזירים עתיקה בנחל אוג עליון אשר נבנה בה קוינוביון על ידי הנזירים אוטימיוס ותיאוקטיסטוס בשנת 411 לספירה.
מערת האימהמערת האימה נמצאת במצוק הדרומי של נחל חבר שבמדבר יהודה, מול מערת האיגרות השוכנת במצוק הצפוני.
מערת המטמוןמערת המטמון נמצאת סמוך לראש המפל הגבוה במצוק הצפוני של נחל משמר. במערה זו גילתה ב-1961 משלחת ארכיאולוגית מטמון מהתקופה הכלכוליתית.
מערת האיגרותמערת האיגרות היא מערה קארסטית אשר נמצאת כ-4 ק"מ דר'-מע' מעין גדי. למערה שני פתחים הנפערים אל פני המצוק בפרסת מפל נחל חבר.
מערת הקמח מדבר יהודהמערת הקמח נמצאת בתוך ערוצו של נחל פרצים אשר בדרום מדבר יהודה. המערה נקראת כך בגלל האבקה הלבנה הנוצרת משחיקת החוואר המזכירה קמח.